misc changes
[phpeclipse.git] / net.sourceforge.phpeclipse / src / net / sourceforge / phpeclipse / PHPeclipsePlugin.java
index fe4136e..1ec421e 100644 (file)
@@ -1,16 +1,15 @@
 /**********************************************************************
-Copyright (c) 2000, 2002 IBM Corp. and others.
-All rights reserved. This program and the accompanying materials
-are made available under the terms of the Common Public License v1.0
-which accompanies this distribution, and is available at
-http://www.eclipse.org/legal/cpl-v10.html
-
-Contributors:
-    IBM Corporation - Initial implementation
-    Klaus Hartlage - www.eclipseproject.de
-**********************************************************************/
+ Copyright (c) 2000, 2002 IBM Corp. and others.
+ All rights reserved. This program and the accompanying materials
+ are made available under the terms of the Common Public License v1.0
+ which accompanies this distribution, and is available at
+ http://www.eclipse.org/legal/cpl-v10.html
+
+ Contributors:
+ IBM Corporation - Initial implementation
+ Klaus Hartlage - www.eclipseproject.de
+ **********************************************************************/
 package net.sourceforge.phpeclipse;
-
 import java.io.File;
 import java.util.ArrayList;
 import java.util.Collection;
@@ -20,9 +19,11 @@ import java.util.Iterator;
 import java.util.List;
 import java.util.Set;
 
+import net.sourceforge.phpdt.core.JavaCore;
 import net.sourceforge.phpdt.externaltools.internal.model.ColorManager;
 import net.sourceforge.phpdt.externaltools.internal.model.ExternalToolsPlugin;
 import net.sourceforge.phpdt.externaltools.internal.model.VariableContextManager;
+import net.sourceforge.phpdt.internal.core.JavaModelManager;
 import net.sourceforge.phpdt.internal.ui.preferences.MembersOrderPreferenceCache;
 import net.sourceforge.phpdt.internal.ui.preferences.TemplatePreferencePage;
 import net.sourceforge.phpdt.internal.ui.text.java.hover.JavaEditorTextHoverDescriptor;
@@ -48,6 +49,7 @@ import org.eclipse.core.boot.BootLoader;
 import org.eclipse.core.resources.IFile;
 import org.eclipse.core.resources.IProject;
 import org.eclipse.core.resources.IResource;
+import org.eclipse.core.resources.IResourceChangeEvent;
 import org.eclipse.core.resources.IWorkspace;
 import org.eclipse.core.resources.ResourcesPlugin;
 import org.eclipse.core.runtime.CoreException;
@@ -75,88 +77,71 @@ import org.eclipse.ui.IWorkbench;
 import org.eclipse.ui.IWorkbenchPage;
 import org.eclipse.ui.IWorkbenchWindow;
 import org.eclipse.ui.PlatformUI;
+import org.eclipse.ui.ide.IDE;
 import org.eclipse.ui.plugin.AbstractUIPlugin;
 import org.eclipse.ui.texteditor.IDocumentProvider;
 import org.eclipse.ui.texteditor.ITextEditor;
-
+import org.eclipse.ui.texteditor.MarkerAnnotationPreferences;
 /**
  * The main plugin class to be used in the desktop.
  */
-public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceConstants {
+public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin
+    implements
+      IPreferenceConstants {
   /**
    * The id of the PHP plugin (value <code>"net.sourceforge.phpeclipse"</code>).
    */
   public static final String PLUGIN_ID = "net.sourceforge.phpeclipse"; //$NON-NLS-1$
-
-  /** 
-   * id of builder - matches plugin.xml (concatenate pluginid.builderid) 
+  /**
+   * id of builder - matches plugin.xml (concatenate pluginid.builderid)
    */
   public static final String BUILDER_PARSER_ID = PLUGIN_ID + ".parserbuilder";
   //public static final String BUILDER_INDEX_ID = PLUGIN_ID + ".indexbuilder";
-
-  /** General debug flag*/
+  /** General debug flag */
   public static final boolean DEBUG = false;
-
   /**
    * The maximum number of allowed proposals by category
    */
   public final static int MAX_PROPOSALS = 200;
-
   private static ExternalToolsPlugin externalTools;
-
   /**
-  * The Java virtual machine that we are running on.
-  */
+   * The Java virtual machine that we are running on.
+   */
   private static int jvm;
-
   /** MRJ 2.0 */
   private static final int MRJ_2_0 = 0;
-
   /** MRJ 2.1 or later */
   private static final int MRJ_2_1 = 1;
-
   /** Java on Mac OS X 10.0 (MRJ 3.0) */
   private static final int MRJ_3_0 = 3;
-
   /** MRJ 3.1 */
   private static final int MRJ_3_1 = 4;
-
   /** JVM constant for any other platform */
   private static final int OTHER = -1;
-
-  // public static final String PHP_RESOURCES_VIEW_ID = PLUGIN_ID + ".resourcesview.ViewPHPResources"; //$NON-NLS-1$
-  public static final String PHP_CODING_ACTION_SET_ID = PLUGIN_ID + ".ui.CodingActionSet"; //$NON-NLS-1$
+  // public static final String PHP_RESOURCES_VIEW_ID = PLUGIN_ID +
+  // ".resourcesview.ViewPHPResources"; //$NON-NLS-1$
+  public static final String PHP_CODING_ACTION_SET_ID = PLUGIN_ID
+      + ".ui.CodingActionSet"; //$NON-NLS-1$
   public final static String PHP_NATURE_ID = PLUGIN_ID + ".phpnature";
-
   public static final String PHPPARSER_ORIGINAL = "net.sourceforge.phpdt.internal.compiler.parser.Parser";
-
   public static final String PHPPARSER_NEW = "test.PHPParser";
-
   /** Change this if you want to switch PHP Parser. */
   public static final String PHPPARSER = PHPPARSER_ORIGINAL;
-
   //The shared instance.
   private static PHPeclipsePlugin plugin;
-
-  /** Windows 9x  */
+  /** Windows 9x */
   private static final int WINDOWS_9x = 6;
-
-  /** Windows NT  */
+  /** Windows NT */
   private static final int WINDOWS_NT = 5;
-
   private ImageDescriptorRegistry fImageDescriptorRegistry;
   private HashMap fIndexManagerMap = new HashMap();
-
   private IWorkingCopyManager fWorkingCopyManager;
   private PHPDocumentProvider fCompilationUnitDocumentProvider;
   private JavaTextTools fJavaTextTools;
   private ProblemMarkerManager fProblemMarkerManager;
-       private MembersOrderPreferenceCache fMembersOrderPreferenceCache;
-
+  private MembersOrderPreferenceCache fMembersOrderPreferenceCache;
   private IFile fLastEditorFile = null;
-
-       private JavaEditorTextHoverDescriptor[] fJavaEditorTextHoverDescriptors;
-       
+  private JavaEditorTextHoverDescriptor[] fJavaEditorTextHoverDescriptors;
   /**
    * The constructor.
    */
@@ -166,69 +151,68 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
     setJVM();
     externalTools = new ExternalToolsPlugin();
     //    try {
-    //      resourceBundle = ResourceBundle.getBundle("net.sourceforge.PHPeclipsePluginResources");
+    //      resourceBundle =
+    // ResourceBundle.getBundle("net.sourceforge.PHPeclipsePluginResources");
     //    } catch (MissingResourceException x) {
     //      resourceBundle = null;
     //    }
   }
-       /**
-        * Returns all Java editor text hovers contributed to the workbench.
-        * 
-        * @return an array of JavaEditorTextHoverDescriptor
-        * @since 2.1
-        */
-       public JavaEditorTextHoverDescriptor[] getJavaEditorTextHoverDescriptors() {
-               if (fJavaEditorTextHoverDescriptors == null)
-                       fJavaEditorTextHoverDescriptors= JavaEditorTextHoverDescriptor.getContributedHovers();
-               return fJavaEditorTextHoverDescriptors;
-       } 
-
-       /**
-        * Resets the Java editor text hovers contributed to the workbench.
-        * <p>
-        * This will force a rebuild of the descriptors the next time
-        * a client asks for them.
-        * </p>
-        * 
-        * @return an array of JavaEditorTextHoverDescriptor
-        * @since 2.1
-        */
-       public void resetJavaEditorTextHoverDescriptors() {
-               fJavaEditorTextHoverDescriptors= null;
-       }
-       /**
-        * Creates the PHP plugin standard groups in a context menu.
-        */
-       public static void createStandardGroups(IMenuManager menu) {
-               if (!menu.isEmpty())
-                       return;
-                       
-               menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_NEW));
-               menu.add(new GroupMarker(IContextMenuConstants.GROUP_GOTO));
-               menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_OPEN));
-               menu.add(new GroupMarker(IContextMenuConstants.GROUP_SHOW));
-               menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_REORGANIZE));
-               menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_GENERATE));
-               menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_SEARCH));
-               menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_BUILD));
-               menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_ADDITIONS));
-               menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_VIEWER_SETUP));
-               menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_PROPERTIES));
-       }
+  /**
+   * Returns all Java editor text hovers contributed to the workbench.
+   * 
+   * @return an array of JavaEditorTextHoverDescriptor
+   * @since 2.1
+   */
+  public JavaEditorTextHoverDescriptor[] getJavaEditorTextHoverDescriptors() {
+    if (fJavaEditorTextHoverDescriptors == null)
+      fJavaEditorTextHoverDescriptors = JavaEditorTextHoverDescriptor
+          .getContributedHovers();
+    return fJavaEditorTextHoverDescriptors;
+  }
+  /**
+   * Resets the Java editor text hovers contributed to the workbench.
+   * <p>
+   * This will force a rebuild of the descriptors the next time a client asks
+   * for them.
+   * </p>
+   * 
+   * @return an array of JavaEditorTextHoverDescriptor
+   * @since 2.1
+   */
+  public void resetJavaEditorTextHoverDescriptors() {
+    fJavaEditorTextHoverDescriptors = null;
+  }
+  /**
+   * Creates the PHP plugin standard groups in a context menu.
+   */
+  public static void createStandardGroups(IMenuManager menu) {
+    if (!menu.isEmpty())
+      return;
+    menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_NEW));
+    menu.add(new GroupMarker(IContextMenuConstants.GROUP_GOTO));
+    menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_OPEN));
+    menu.add(new GroupMarker(IContextMenuConstants.GROUP_SHOW));
+    menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_REORGANIZE));
+    menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_GENERATE));
+    menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_SEARCH));
+    menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_BUILD));
+    menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_ADDITIONS));
+    menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_VIEWER_SETUP));
+    menu.add(new Separator(IContextMenuConstants.GROUP_PROPERTIES));
+  }
   public static IWorkbenchPage getActivePage() {
     return getDefault().internalGetActivePage();
   }
-
   public static Shell getActiveWorkbenchShell() {
     return getActiveWorkbenchWindow().getShell();
   }
-
   /**
-        * Returns an array of all editors that have an unsaved content. If the identical content is 
-        * presented in more than one editor, only one of those editor parts is part of the result.
-        * 
-        * @return an array of all dirty editor parts.
-        */
+   * Returns an array of all editors that have an unsaved content. If the
+   * identical content is presented in more than one editor, only one of those
+   * editor parts is part of the result.
+   * 
+   * @return an array of all dirty editor parts.
+   */
   public static IEditorPart[] getDirtyEditors() {
     Set inputs = new HashSet();
     List result = new ArrayList(0);
@@ -250,7 +234,6 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
     }
     return (IEditorPart[]) result.toArray(new IEditorPart[result.size()]);
   }
-
   public static IWorkbenchWindow getActiveWorkbenchWindow() {
     return getDefault().getWorkbench().getActiveWorkbenchWindow();
   }
@@ -260,26 +243,22 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
   public static PHPeclipsePlugin getDefault() {
     return plugin;
   }
-
   public static ImageDescriptorRegistry getImageDescriptorRegistry() {
     return getDefault().internalGetImageDescriptorRegistry();
   }
-
   static IPath getInstallLocation() {
     return new Path(getDefault().getDescriptor().getInstallURL().getFile());
   }
   public static int getJVM() {
     return jvm;
   }
-
   public static String getPluginId() {
     return getDefault().getDescriptor().getUniqueIdentifier();
   }
-
   /**
-   * Returns the standard display to be used. The method first checks, if
-   * the thread calling this method has an associated display. If so, this
-   * display is returned. Otherwise the method returns the default display.
+   * Returns the standard display to be used. The method first checks, if the
+   * thread calling this method has an associated display. If so, this display
+   * is returned. Otherwise the method returns the default display.
    */
   public static Display getStandardDisplay() {
     Display display = Display.getCurrent();
@@ -288,7 +267,6 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
     }
     return display;
   }
-
   //  public static ExternalToolsPlugin getExternalTools() {
   //    return externalTools;
   //  }
@@ -298,13 +276,12 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
   public static IWorkspace getWorkspace() {
     return ResourcesPlugin.getWorkspace();
   }
-
   public static boolean isDebug() {
     return getDefault().isDebugging();
   }
-
   //  public static void logErrorMessage(String message) {
-  //    log(new Status(IStatus.ERROR, getPluginId(), JavaStatusConstants.INTERNAL_ERROR, message, null));
+  //    log(new Status(IStatus.ERROR, getPluginId(),
+  // JavaStatusConstants.INTERNAL_ERROR, message, null));
   //  }
   //
   //  public static void logErrorStatus(String message, IStatus status) {
@@ -312,38 +289,36 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
   //      logErrorMessage(message);
   //      return;
   //    }
-  //    MultiStatus multi= new MultiStatus(getPluginId(), JavaStatusConstants.INTERNAL_ERROR, message, null);
+  //    MultiStatus multi= new MultiStatus(getPluginId(),
+  // JavaStatusConstants.INTERNAL_ERROR, message, null);
   //    multi.add(status);
   //    log(multi);
   //  }
   //
   //  public static void log(Throwable e) {
-  //    log(new Status(IStatus.ERROR, getPluginId(), JavaStatusConstants.INTERNAL_ERROR, JavaUIMessages.getString("JavaPlugin.internal_error"), e)); //$NON-NLS-1$
+  //    log(new Status(IStatus.ERROR, getPluginId(),
+  // JavaStatusConstants.INTERNAL_ERROR,
+  // JavaUIMessages.getString("JavaPlugin.internal_error"), e)); //$NON-NLS-1$
   //  }
-
   public static void log(int severity, String message) {
     Status status = new Status(severity, PLUGIN_ID, IStatus.OK, message, null);
     log(status);
   }
-
   public static void log(IStatus status) {
     getDefault().getLog().log(status);
   }
   public static void log(Throwable e) {
-    log(new Status(IStatus.ERROR, PLUGIN_ID, IStatus.ERROR, "PHPeclipsePlugin.internalErrorOccurred", e)); //$NON-NLS-1$
+    log(new Status(IStatus.ERROR, PLUGIN_ID, IStatus.ERROR,
+        "PHPeclipsePlugin.internalErrorOccurred", e)); //$NON-NLS-1$
   }
-
   private static void setJVM() {
     String osName = System.getProperty("os.name");
-
     if (osName.startsWith("Mac OS")) {
       String mrjVersion = System.getProperty("mrj.version");
       String majorMRJVersion = mrjVersion.substring(0, 3);
       jvm = OTHER;
       try {
-
         double version = Double.valueOf(majorMRJVersion).doubleValue();
-
         if (version == 2) {
           jvm = MRJ_2_0;
         } else if (version >= 2.1 && version < 3) {
@@ -353,11 +328,8 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
         } else if (version >= 3.1) {
           jvm = MRJ_3_1;
         }
-
       } catch (NumberFormatException nfe) {
-
       }
-
     } else if (osName.startsWith("Windows")) {
       if (osName.indexOf("9") != -1) {
         jvm = WINDOWS_9x;
@@ -366,30 +338,30 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
       }
     }
   }
-
   // TODO: refactor this into a better method name !
   public synchronized PHPDocumentProvider getCompilationUnitDocumentProvider() {
     if (fCompilationUnitDocumentProvider == null)
       fCompilationUnitDocumentProvider = new PHPDocumentProvider();
     return fCompilationUnitDocumentProvider;
   }
-
   /**
    * Get the identifier index manager for the given project
    * 
-   * @param iProject the current project
+   * @param iProject
+   *            the current project
    * @return
    */
   public IdentifierIndexManager getIndexManager(IProject iProject) {
-    String indexFilename = iProject.getLocation() + File.separator + "project.index";
-    IdentifierIndexManager indexManager = (IdentifierIndexManager) fIndexManagerMap.get(indexFilename);
+    String indexFilename = iProject.getLocation() + File.separator
+        + "project.index";
+    IdentifierIndexManager indexManager = (IdentifierIndexManager) fIndexManagerMap
+        .get(indexFilename);
     if (indexManager == null) {
       indexManager = new IdentifierIndexManager(indexFilename);
       fIndexManagerMap.put(indexFilename, indexManager);
     }
     return indexManager;
   }
-
   public synchronized IWorkingCopyManager getWorkingCopyManager() {
     if (fWorkingCopyManager == null) {
       PHPDocumentProvider provider = getCompilationUnitDocumentProvider();
@@ -397,32 +369,27 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
     }
     return fWorkingCopyManager;
   }
-  
-       public synchronized MembersOrderPreferenceCache getMemberOrderPreferenceCache() {
-               if (fMembersOrderPreferenceCache == null)
-                       fMembersOrderPreferenceCache= new MembersOrderPreferenceCache();
-               return fMembersOrderPreferenceCache;
-       }       
-       
+  public synchronized MembersOrderPreferenceCache getMemberOrderPreferenceCache() {
+    if (fMembersOrderPreferenceCache == null)
+      fMembersOrderPreferenceCache = new MembersOrderPreferenceCache();
+    return fMembersOrderPreferenceCache;
+  }
   public synchronized ProblemMarkerManager getProblemMarkerManager() {
     if (fProblemMarkerManager == null)
       fProblemMarkerManager = new ProblemMarkerManager();
     return fProblemMarkerManager;
   }
-
   public synchronized JavaTextTools getJavaTextTools() {
     if (fJavaTextTools == null)
       fJavaTextTools = new JavaTextTools(getPreferenceStore());
     return fJavaTextTools;
   }
-
   public IFile getLastEditorFile() {
     return fLastEditorFile;
   }
-
   /**
-   * Returns the string from the plugin's resource bundle,
-   * or 'key' if not found.
+   * Returns the string from the plugin's resource bundle, or 'key' if not
+   * found.
    */
   //  public static String getResourceString(String key) {
   //    ResourceBundle bundle = PHPeclipsePlugin.getDefault().getResourceBundle();
@@ -432,36 +399,40 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
   //      return key;
   //    }
   //  }
-
   /**
    * Returns the plugin's resource bundle,
    */
   //  public ResourceBundle getResourceBundle() {
   //    return resourceBundle;
   //  }
-
   protected void initializeDefaultPreferences(IPreferenceStore store) {
     // windows preferences:
     store.setDefault(LOCALHOST_PREF, "http://localhost");
-
-    store.setDefault(SHOW_EXTERNAL_PREVIEW_PREF, "true");
+//    store.setDefault(SHOW_EXTERNAL_PREVIEW_PREF, "true");
     store.setDefault(USE_EXTERNAL_BROWSER_PREF, "false");
     store.setDefault(SHOW_OUTPUT_IN_CONSOLE, "true");
-
+    store.setDefault(PHP_OBFUSCATOR_DEFAULT, "c:\\temp");
+    store.setDefault(PHP_BOOKMARK_DEFAULT, "");
+    
+    store.setDefault(PHP_AUTO_PREVIEW_DEFAULT, "true");
+    store.setDefault(PHP_BRING_TO_TOP_PREVIEW_DEFAULT, "true");
+    
     String windowsSystem = BootLoader.getWS();
-
     if (jvm == WINDOWS_9x) {
-      store.setDefault(EXTERNAL_BROWSER_PREF, "command.com /c start iexplore {0}");
+      store.setDefault(EXTERNAL_BROWSER_PREF,
+          "command.com /c start iexplore {0}");
     } else if (windowsSystem.equals(BootLoader.WS_WIN32)) {
-      store.setDefault(EXTERNAL_BROWSER_PREF, "rundll32 url.dll,FileProtocolHandler {0}");
+      store.setDefault(EXTERNAL_BROWSER_PREF,
+          "rundll32 url.dll,FileProtocolHandler {0}");
     } else if (windowsSystem.equals(BootLoader.WS_CARBON)) {
       // TODO How do we start Safari on Mac OS X ?
       store.setDefault(EXTERNAL_BROWSER_PREF, "netscape {0}");
     } else {
+      store.setDefault(PHP_OBFUSCATOR_DEFAULT, "/tmp");
       store.setDefault(EXTERNAL_BROWSER_PREF, "netscape {0}");
     }
-    store.setDefault(DOCUMENTROOT_PREF, getWorkspace().getRoot().getLocation().toString());
-
+    store.setDefault(DOCUMENTROOT_PREF, getWorkspace().getRoot().getLocation()
+        .toString());
     //  if ((jvm == WINDOWS_9x) || (jvm == WINDOWS_NT)) {
     // 
     if (windowsSystem.equals(BootLoader.WS_WIN32)) {
@@ -470,53 +441,54 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
       store.setDefault(MYSQL_RUN_PREF, "c:\\apache\\mysql\\bin\\mysqld-nt.exe");
       store.setDefault(APACHE_RUN_PREF, "c:\\apache\\apache.exe");
     } else {
-
       store.setDefault(PHP_RUN_PREF, "/apache/php/php");
       store.setDefault(EXTERNAL_PARSER_PREF, "/apache/php/php -l -f {0}");
       store.setDefault(MYSQL_RUN_PREF, "/apache/mysql/bin/mysqld");
       store.setDefault(APACHE_RUN_PREF, "/apache/apache");
-
     }
     store.setDefault(MYSQL_PREF, "--standalone");
     store.setDefault(APACHE_START_PREF, "-c \"DocumentRoot \"{0}\"\"");
     store.setDefault(APACHE_STOP_PREF, "-k shutdown");
     store.setDefault(APACHE_RESTART_PREF, "-k restart");
-
     store.setDefault(MYSQL_START_BACKGROUND, "true");
     store.setDefault(APACHE_START_BACKGROUND, "true");
     store.setDefault(APACHE_STOP_BACKGROUND, "true");
     store.setDefault(APACHE_RESTART_BACKGROUND, "true");
-
     store.setDefault(PHP_PARSER_DEFAULT, PHP_EXTERNAL_PARSER);
     store.setDefault(PHP_INTERNAL_PARSER, "false");
     store.setDefault(PHP_EXTERNAL_PARSER, "true");
-
     //    store.setDefault(PHP_PARSE_ON_SAVE, "true");
-
     // show line numbers:
     //   store.setDefault(LINE_NUMBER_RULER, "false");
     //    store.setDefault(FORMATTER_TAB_SIZE, "4");
-
     // php syntax highlighting
     store.setDefault(PHP_USERDEF_XMLFILE, "");
-    //assume there is none  chooA
-
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_MULTILINE_COMMENT, PHPColorProvider.MULTI_LINE_COMMENT);
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_SINGLELINE_COMMENT, PHPColorProvider.SINGLE_LINE_COMMENT);
+    //assume there is none chooA
+    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_MULTILINE_COMMENT,
+        PHPColorProvider.MULTI_LINE_COMMENT);
+    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_SINGLELINE_COMMENT,
+        PHPColorProvider.SINGLE_LINE_COMMENT);
     PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_TAG, PHPColorProvider.TAG);
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_KEYWORD, PHPColorProvider.KEYWORD);
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_VARIABLE, PHPColorProvider.VARIABLE);
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_FUNCTIONNAME, PHPColorProvider.FUNCTION_NAME);
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_CONSTANT, PHPColorProvider.CONSTANT);
+    PreferenceConverter
+        .setDefault(store, PHP_KEYWORD, PHPColorProvider.KEYWORD);
+    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_VARIABLE,
+        PHPColorProvider.VARIABLE);
+    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_FUNCTIONNAME,
+        PHPColorProvider.FUNCTION_NAME);
+    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_CONSTANT,
+        PHPColorProvider.CONSTANT);
     PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_TYPE, PHPColorProvider.TYPE);
     PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_STRING, PHPColorProvider.STRING);
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHP_DEFAULT, PHPColorProvider.DEFAULT);
-
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHPDOC_KEYWORD, PHPColorProvider.PHPDOC_KEYWORD);
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHPDOC_TAG, PHPColorProvider.PHPDOC_TAG);
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHPDOC_LINK, PHPColorProvider.PHPDOC_LINK);
-    PreferenceConverter.setDefault(store, PHPDOC_DEFAULT, PHPColorProvider.PHPDOC_DEFAULT);
-
+    PreferenceConverter
+        .setDefault(store, PHP_DEFAULT, PHPColorProvider.DEFAULT);
+    PreferenceConverter.setDefault(store, PHPDOC_KEYWORD,
+        PHPColorProvider.PHPDOC_KEYWORD);
+    PreferenceConverter.setDefault(store, PHPDOC_TAG,
+        PHPColorProvider.PHPDOC_TAG);
+    PreferenceConverter.setDefault(store, PHPDOC_LINK,
+        PHPColorProvider.PHPDOC_LINK);
+    PreferenceConverter.setDefault(store, PHPDOC_DEFAULT,
+        PHPColorProvider.PHPDOC_DEFAULT);
     //    PreferenceConverter.setDefault(
     //      store,
     //      PHP_EDITOR_BACKGROUND,
@@ -529,87 +501,77 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
     //      store,
     //      LINE_NUMBER_COLOR,
     //      PHPColorProvider.LINE_NUMBER_COLOR);
-
     //    // set default PHPDoc colors:
     //    PreferenceConverter.setDefault(
     //      store,
-    //      PHPDOC_KEYWORD, 
+    //      PHPDOC_KEYWORD,
     //      PHPColorProvider.PHPDOC_KEYWORD);
     //    PreferenceConverter.setDefault(
     //      store,
-    //      PHPDOC_LINK, 
-    //      PHPColorProvider.PHPDOC_LINK);      
+    //      PHPDOC_LINK,
+    //      PHPColorProvider.PHPDOC_LINK);
     //    PreferenceConverter.setDefault(
     //      store,
-    //      PHPDOC_DEFAULT, 
+    //      PHPDOC_DEFAULT,
     //      PHPColorProvider.PHPDOC_DEFAULT);
     //    PreferenceConverter.setDefault(
     //      store,
-    //      PHPDOC_TAG, 
+    //      PHPDOC_TAG,
     //      PHPColorProvider.PHPDOC_TAG);
-
     //    store.setDefault(PREFERENCE_COLOR_BACKGROUND_SYSTEM_DEFAULT, "true");
     //    PreferenceConverter.setDefault(
     //      store,
     //      PREFERENCE_COLOR_BACKGROUND,
     //      PHPColorProvider.BACKGROUND_COLOR);
-
     //language stuff
     //    store.setDefault(RESOURCE_BUNDLE, LANGUAGE_DEFAULT);
     //    store.setDefault(RESOURCE_BUNDLE_EN_GB, "true");
     //    store.setDefault(RESOURCE_BUNDLE_DE, "false");
     //    store.setDefault(RESOURCE_BUNDLE_FR, "false");
     //    store.setDefault(RESOURCE_BUNDLE_ES, "false");
-
     store.setDefault(PHP_OUTLINE_CLASS, "true"); //$NON-NLS-1$
     store.setDefault(PHP_OUTLINE_FUNC, "true"); //$NON-NLS-1$
     store.setDefault(PHP_OUTLINE_VAR, "true"); //$NON-NLS-1$
-
     TemplatePreferencePage.initDefaults(store);
     //this will initialize the static fields in the syntaxrdr class
     new PHPSyntaxRdr();
-
-    PHPCore.initializeDefaultPluginPreferences();
+    JavaCore.initializeDefaultPluginPreferences();
     PreferenceConstants.initializeDefaultValues(store);
-
     externalTools.initializeDefaultPreferences(store);
+    MarkerAnnotationPreferences.initializeDefaultValues(store);        
   }
-
   private IWorkbenchPage internalGetActivePage() {
     IWorkbenchWindow window = getWorkbench().getActiveWorkbenchWindow();
     if (window != null)
       return window.getActivePage();
     return null;
   }
-
   private ImageDescriptorRegistry internalGetImageDescriptorRegistry() {
     if (fImageDescriptorRegistry == null)
       fImageDescriptorRegistry = new ImageDescriptorRegistry();
     return fImageDescriptorRegistry;
   }
   /**
-       * Open a file in the Workbench that may or may not exist in the workspace.
-       * Must be run on the UI thread.
-       * @param filename
-       * @throws CoreException
-       */
+   * Open a file in the Workbench that may or may not exist in the workspace.
+   * Must be run on the UI thread.
+   * 
+   * @param filename
+   * @throws CoreException
+   */
   public ITextEditor openFileInTextEditor(String filename) throws CoreException {
-
     // reject directories
     if (new File(filename).isDirectory())
       return null;
-
     IWorkbench workbench = PlatformUI.getWorkbench();
     IWorkbenchWindow window = workbench.getWorkbenchWindows()[0];
     IWorkbenchPage page = window.getActivePage();
     IPath path = new Path(filename);
-
     // If the file exists in the workspace, open it
     IFile file = getWorkspace().getRoot().getFileForLocation(path);
     IEditorPart editor;
     ITextEditor textEditor;
     if (file != null && file.exists()) {
-      editor = page.openEditor(file);
+      editor = IDE.openEditor(page, file, true);
       textEditor = (ITextEditor) editor.getAdapter(ITextEditor.class);
     } else {
       // Otherwise open the stream directly
@@ -619,12 +581,12 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
       IEditorRegistry registry = getWorkbench().getEditorRegistry();
       IEditorDescriptor desc = registry.getDefaultEditor(filename);
       if (desc == null) {
-        desc = registry.getDefaultEditor();
+        desc = registry.findEditor(IEditorRegistry.SYSTEM_EXTERNAL_EDITOR_ID);
+     //   desc = registry.getDefaultEditor();
       }
       IEditorInput input = new ExternalEditorInput(storage);
       editor = page.openEditor(input, desc.getId());
       textEditor = (ITextEditor) editor.getAdapter(ITextEditor.class);
-
       // If the storage provider is not ours, we can't guarantee read/write.
       if (textEditor != null) {
         IDocumentProvider documentProvider = textEditor.getDocumentProvider();
@@ -636,81 +598,79 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
     return textEditor;
   }
   /**
-       * Open a file in the Workbench that may or may not exist in the workspace.
-       * Must be run on the UI thread.
-       * @param filename
-       * @param line
-       * @throws CoreException
-       */
-  public void openFileAndGotoLine(String filename, int line) throws CoreException {
-
+   * Open a file in the Workbench that may or may not exist in the workspace.
+   * Must be run on the UI thread.
+   * 
+   * @param filename
+   * @param line
+   * @throws CoreException
+   */
+  public void openFileAndGotoLine(String filename, int line)
+      throws CoreException {
     ITextEditor textEditor = openFileInTextEditor(filename);
     if (textEditor != null) {
       // If a line number was given, go to it
       if (line > 0) {
         try {
           line--; // document is 0 based
-          IDocument document = textEditor.getDocumentProvider().getDocument(textEditor.getEditorInput());
-          textEditor.selectAndReveal(document.getLineOffset(line), document.getLineLength(line));
-
+          IDocument document = textEditor.getDocumentProvider().getDocument(
+              textEditor.getEditorInput());
+          textEditor.selectAndReveal(document.getLineOffset(line), document
+              .getLineLength(line));
         } catch (BadLocationException e) {
           // invalid text position -> do nothing
         }
       }
     }
   }
-
   /**
-       * Open a file in the Workbench that may or may not exist in the workspace.
-       * Must be run on the UI thread.
-       * @param filename
-       * @param offset
-       * @throws CoreException
-       */
-  public void openFileAndGotoOffset(String filename, int offset, int length) throws CoreException {
-
+   * Open a file in the Workbench that may or may not exist in the workspace.
+   * Must be run on the UI thread.
+   * 
+   * @param filename
+   * @param offset
+   * @throws CoreException
+   */
+  public void openFileAndGotoOffset(String filename, int offset, int length)
+      throws CoreException {
     ITextEditor textEditor = openFileInTextEditor(filename);
     if (textEditor != null) {
       // If a line number was given, go to it
       if (offset >= 0) {
-        IDocument document = textEditor.getDocumentProvider().getDocument(textEditor.getEditorInput());
+        IDocument document = textEditor.getDocumentProvider().getDocument(
+            textEditor.getEditorInput());
         textEditor.selectAndReveal(offset, length);
       }
     }
   }
-
-  public void openFileAndFindString(String filename, String findString) throws CoreException {
-
+  public void openFileAndFindString(String filename, String findString)
+      throws CoreException {
     ITextEditor textEditor = openFileInTextEditor(filename);
     if (textEditor != null) {
       //               If a string was given, go to it
       if (findString != null) {
         try {
-          IDocument document = textEditor.getDocumentProvider().getDocument(textEditor.getEditorInput());
+          IDocument document = textEditor.getDocumentProvider().getDocument(
+              textEditor.getEditorInput());
           int offset = document.search(0, findString, true, false, true);
           textEditor.selectAndReveal(offset, findString.length());
-
         } catch (BadLocationException e) {
           // invalid text position -> do nothing
         }
-
       }
     }
   }
   public void setLastEditorFile(IFile textEditor) {
     this.fLastEditorFile = textEditor;
   }
-
   /**
    * @see org.eclipse.ui.plugin.AbstractUIPlugin#shutdown()
    */
   public void shutdown() throws CoreException {
-       // moved down:
+    // moved down (see below):
     //    super.shutdown();
-
     //  externalTools.shutDown();
     ColorManager.getDefault().dispose();
-
     // save the information from the php index files if necessary
     Collection collection = fIndexManagerMap.values();
     Iterator iterator = collection.iterator();
@@ -719,41 +679,72 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
       indexManager = (IdentifierIndexManager) iterator.next();
       indexManager.writeFile();
     }
-
     if (fImageDescriptorRegistry != null)
       fImageDescriptorRegistry.dispose();
-
     //                         unregisterAdapters();
-
     super.shutdown();
-
     if (fWorkingCopyManager != null) {
       fWorkingCopyManager.shutdown();
       fWorkingCopyManager = null;
     }
-
     if (fCompilationUnitDocumentProvider != null) {
       fCompilationUnitDocumentProvider.shutdown();
       fCompilationUnitDocumentProvider = null;
     }
-
     if (fJavaTextTools != null) {
       fJavaTextTools.dispose();
       fJavaTextTools = null;
     }
-
     //                         JavaDocLocations.shutdownJavadocLocations();
     //         
     //                         JFaceResources.getFontRegistry().removeListener(fFontPropertyChangeListener);
-
+    // begin JavaCore#shutdown()
+    //savePluginPreferences();
+    savePluginPreferences();
+    IWorkspace workspace = ResourcesPlugin.getWorkspace();
+    workspace.removeResourceChangeListener(JavaModelManager
+        .getJavaModelManager().deltaProcessor);
+    workspace.removeSaveParticipant(PHPeclipsePlugin.getDefault());
+    ((JavaModelManager) JavaModelManager.getJavaModelManager()).shutdown();
+    //  end JavaCore#shutdown()
   }
-
   public void startup() throws CoreException {
     super.startup();
-    IAdapterManager manager = Platform.getAdapterManager();
-    manager.registerAdapters(new PHPElementAdapterFactory(), PHPElement.class);
-    manager.registerAdapters(new ResourceAdapterFactory(), IResource.class);
-    //  externalTools.startUp(); 
+    // begin JavaCore.startup();
+    JavaModelManager manager = JavaModelManager.getJavaModelManager();
+    try {
+      manager.configurePluginDebugOptions();
+      // request state folder creation (workaround 19885)
+      //               JavaCore.getPlugin().getStateLocation();
+      getStateLocation();
+      // retrieve variable values
+      //               JavaCore.getPlugin().getPluginPreferences().addPropertyChangeListener(new
+      // JavaModelManager.PluginPreferencesListener());
+      getPluginPreferences().addPropertyChangeListener(
+          new JavaModelManager.PluginPreferencesListener());
+      //       TODO khartlage temp-del
+      //               manager.loadVariablesAndContainers();
+      IWorkspace workspace = ResourcesPlugin.getWorkspace();
+      workspace.addResourceChangeListener(manager.deltaProcessor,
+          IResourceChangeEvent.PRE_AUTO_BUILD
+              | IResourceChangeEvent.POST_AUTO_BUILD
+              | IResourceChangeEvent.POST_CHANGE
+              | IResourceChangeEvent.PRE_DELETE
+              | IResourceChangeEvent.PRE_CLOSE);
+      //               startIndexing();
+      workspace.addSaveParticipant(PHPeclipsePlugin.getDefault(), manager);
+    } catch (CoreException e) {
+    } catch (RuntimeException e) {
+      manager.shutdown();
+      throw e;
+    }
+    //  end JavaCore.startup();
+    IAdapterManager platformManager = Platform.getAdapterManager();
+    platformManager.registerAdapters(new PHPElementAdapterFactory(),
+        PHPElement.class);
+    platformManager.registerAdapters(new ResourceAdapterFactory(),
+        IResource.class);
+    //  externalTools.startUp();
     getStandardDisplay().asyncExec(new Runnable() {
       public void run() {
         //initialize the variable context manager
@@ -761,5 +752,4 @@ public class PHPeclipsePlugin extends AbstractUIPlugin implements IPreferenceCon
       }
     });
   }
-
 }
\ No newline at end of file